Восточная сторона двора занята двухэтажным зданием, превосходящим по высоте и трапезную и церковь. Хорошо сохранились помещения нижнего этажа: в северной части находился обширный зал, перекрытый низким коробовым сводом, служивший, вероятно, комнатой для общих работ монахов; в южном конце расположен меньших размеров, но  богаче украшенный  зал,  где ежедневно каноники аббатства обсуждали его заботы и получали указания от настоятеля. Своды этого зала, теперь рухнувшие, опирались в центре на колонну, видимо, взятую строителями из руин какой-то ранневизантийской церкви. На стенах же своды поддерживали восемь резных кронштейнов — по одному в углах и в центре каждой стены. В украшающих их скульптурах проявилась вся причудливая фантазия готического мастера — мы видим здесь языческие и христианские сюжеты, такие, как «Одиссей между двух сирен» или «Пророк Даниил, сражающийся с дикими животными», и не всегда понятные изображения людей и животных, исполненные с угловатой грацией готического искусства.
Во втором этаже этого обширного здания, куда можно подняться по «ночной лестнице» в северо-восточном углу церкви, находились кельи монахов. Тут сохранились только наружные стены; пол второго этажа местами рухнул.
Хозяйственные строения монастыря, как уже упоминалось, располагались с западной стороны его двора. Здесь стояло, ныне разрушенное почти полностью, двухэтажное здание, предназначавшееся для хранения различных продуктов, а также, возможно, включавшее помещения для светских посетителей монастыря. В юго-западном углу, близ входа в монастырь, еще сохранилась часть его нижнего этажа с мощными стенами и тяжелыми сводами.
Другое хранилище, предназначенное для масла и вина, находилось в подвале, устроенном под западным концом трапезной, около теперь также почти полностью разрушенной кухни.
Аббатство Белапайя, несмотря на причиненные ему временем повреждения, остается удивительно цельным и впечатляющим памятником кипрской готики, как будто еще сохраняющим самый дух далеких времен средневековья.